Marcin Wojewodzic

Marcin W. Wojewodzic er systembiolog ved seksjonen integrert genomikk.

Hans forskningsinteresser ligger i miljøepigenetikk, epigenomikk, transkriptomikk, kunstig intelligens (AI) og gennettverksanalyse. Han er interessert i hvilke hendelser (f.eks. miljøeksponering) som former molekylære endringer før sykdommer, eksempelvis testikkelkreft. Hans overordnede forskningsmål ved Kreftregisteret er å identifisere molekylære mønstre i DNA fra serumprøver som avslører tilstedeværelsen av testikkelkreft på et tidlig stadium av sykdommen. Ved å bruke epigenetiske signaturer i DNA utvikler han kreft- og miljøeksponeringsbiomarkører.

Marcin har en bred bakgrunn innen molekylærbiologi, modellorganismer og genomiske metoder, inkludert laboratoriearbeid og bioinformatikkanalyse levert fra store datadrevne biomarkørfunn. Wojewodzics ekspertise ligger i å designe, etablere og koordinere neste generasjons epigenetiske sekvenseringsprotokoller og de påfølgende bioinformatiske analyser. Hans daglige laboratorium ved Kreftregisteret er Superdatamaskin (HPC) og Tjeneste for Sikre Data (TSD).

Sammen med Trine B. Rounge og Tom Grotmol har Marcin vært banebrytende i utvikling av epigenetisk sekvensering og analyse av et omfattende epigenomisk prosjekt med sikte på å identifisere epigenetiske kreftbiomarkører ved bruk av serumprøver. Prosjektet er finansiert av Kreftforeningen (Grant Number 190157-2017).

Forskningsgruppen har utviklet en epigenetisk protokoll for lave DNA-mengder fra serumprøver og gjort omfattende karakterisering av DNA-metyleringsprofiler hos friske individer sammenlignet med testikkelkreftpasienter (med tanke på forvirrende variabler som røyking eller alder). I dette ‘høy risiko / stor gevinst-prosjektet‘ har de profilert pre-diagnostiske prøver fra testikkelkreft fra så lite som 10 ng DNA. Totalt ble 96 prøver analysert, og sekvensering genererte mer enn 2 TB rådata. I prosjektet, som i utgangspunktet hadde begrensede ressurser, ble be benyttet avansert bioinformatikk, statistisk modellering og maskinlæringsmetoder.

Marcin er også involvert i prosjektet ‘effekter av cisplatin på epigenomet etter kreftbehandling’ finansiert av Kreftforeningen (Grant Number 190157-2017). Prosjektet har som mål å identifisere metyleringsbiomarkører i pasientenes blod 15 år etter cisplatinbehandling. For første gang i historien har gruppa påvist at cisplatin har langvarige effekter i de globale metyleringsmønstrene som kan føre til metabolsk syndrom. Oppfølgingen av dette prosjektet er knyttet til epigenetiske klokker, med hovedhypotesen at cisplatin kan forårsake epigenetisk aldersakselerasjon.

Han jobber også med prosjekter relatert til DNA-metylering i kreft ved bruk av TCGA-prøver og med flere forskjellige dyremodeller i sammenheng med miljøepigenetikk. Han bruker også konsepter fra gen-nettverket for å forstå de molekylære driverne mellom kontroller og kreftvevsprøver.

Marcin liker kommunikasjon med det bredere publikum og er deltatt i oppsøkende aktiviteter gjennom alle sine prosjekter. Eksemplene på slike aktiviteter finner du i tidsskrifter som ‘Dagbladet’ eller ‘Forbes’.

Bakgrunn

Marcin tok doktorgraden ved Fakultetet for matematikk og naturvitenskap, Universitetet i Oslo, Norge, i 2011.

Hans doktoravhandling handlet om molekylære mekanismer og fysiologi av en epigenetisk modellorganisme for toksikologi og miljø (Daphnia). Han har sett på transgenerasjonseffektene av kosthold og temperatur. I tillegg har han etablert miljøepigenetikk som en forskningslinje.

Han forble i samme forskningsinstitusjon som en postdoktor fra 2012 til 2014, og jobbet i GENOME-prosjektet. I 2014 ble han innvilget et uavhengig Marie Skłodowska Curie Research Fellowship fra EU som innebar at han flyttet til Birmingham for 2 år. Han har fortsatt tilknytning til Universitet i Birmingham. Han ble også tildelt ‘Toppfinansiering’ fra Forskningsrådet, og ble i tillegg tildelt et stipend fra britiske NERC. Han har formell utdannelse i bioinformatikk, inkludert AI-metoder.

Prosjekter

  • Etablering av epigenetiske sekvenseringsmetoder fra Janus serumbank.
  • Utvikler av biomarkører for testikkelkreft fra Janus Serum Bank.
  • Effekter av Cisplatin på menneske epigenomet etter kreftbehandling.
  • Endringene i den epigenetiske klokken etter kreftdiagnose.
  • Bruke AI-metoder for å finne framtidige biomarkører fra de epigenetiske data.

Utvalgte publikasjoner

Wojewodzic*, M.W., Leithaug, M., Lauritzen, M. et al.Ultralow amounts of DNA from long-term archived serum samples produce high-quality methylomes’. Clinical Epigenetics 13, 107 (2021). https://doi.org/10.1186/s13148-021-01097-3

Wojewodzic*, M.W., Lavender JP. ‘Diagnostic classification based on DNA methylation profiles using sequential machine learning approaches’. (2021), DOI: 10.21203/rs.3.rs-495829/v1

Martinecz, A., Wojewodzic*, M.W. ‘Could bacteriophages be the answer to the COVID-19 crisis?Expert Review of Anti-infective Therapy (2020) https://doi.org/10.1080/14787210.2021.1836960

Wojewodzic, M.W.  ‘Bacteriophages could be a potential game changer in the trajectory of coronavirus disease (COVID-19)’, PHAGE: Therapy, Applications, and Research

(2020)  DOI: 10.1089/phage.2020.0014

Bucher-Johannessen, C., Page, C.M., Haugen, T.B., Wojewodzic, M.W. et al.Cisplatin treatment of testicular cancer patients introduces long-term changes in the epigenome’. Clinical Epigenetics 11, 179 (2019). https://doi.org/10.1186/s13148-019-0764-4

Frisch D., Becker D, Wojewodzic M.W. ‘Dissecting the transcriptomic basis of phenotypic evolution in an aquatic keystone grazerMolecular Biology and Evolution (2019) DOI: 10.1093/molbev/msz234

 

Forskningsformidling:
Wojewodzic M.W., Sawicka A.W.  ‘Frisk, men kanskje ikke helt?

Albert H. ‘Could Bacteria Eating Viruses Help Treat Patients With Covid-19?