Sinan Uğur Umu

Postdoktor, Forskningsavdelingen

Arbeidsoppgaver/interesser:
Sinan U. Umu er ansatt som postdoktor på prosjektet “små ikke-kodende RNA som tidlige biomarkører for kreft” som ledes av Trine Rounge og Hilde Langseth.

Formålet med prosjektet er å undersøke om sncRNA (små ikke-kodende RNA) kan være en tidlig biomarkører for kreft, og langsiktig inngå i screeningprogrammer mot kreft.

I dette prosjektet jobber Sinan med utvikling av bioinformatiske pipelines for å gjøre det mulig å analysere de store mengder data som kommer ut av dypsekvensering av biologiske prøver.

Utdannelse/Bakgrunn:
Sinan har en bachelor I fysikk og en mastergrad I bioinformatikk. Han tok sin doktorgrad ved Universititet i Canterbury, New Zealand.

Hans doktorgrad hadde tittelen «Investigating prokaryotic transcriptomes and the impact of crosstalk between noncoding RNA and messenger RNA interactions».

Prosjekter:
miRJanus (https://www.kreftregisteret.no/en/Research/Projects/Small-non-coding-RNA-as-early-detection-cancer-biomarkers/) ß norsk

Utvalgte publikasjoner:
Fehlmann T, Backes C, Alles J, Fischer U, Hart M, Kern F, Langseth H, Rounge T, Umu SU, Kahraman M, Laufer T, Haas J, Staehler C, Ludwig N, Hübenthal M, Meder B, Franke A, Lenhof HP, Meese E, Keller A (2018)
A high-resolution map of the human small non-coding transcriptome
Bioinformatics, 34 (10), 1621-1628
PubMed 29281000
Umu SU, Langseth H, Bucher-Johannessen C, Fromm B, Keller A, Meese E, Lauritzen M, Leithaug M, Lyle R, Rounge TB (2017)
A comprehensive profile of circulating RNAs in human serum
RNA Biol, 15 (2), 242-250
PubMed 29219730
Umu SU, Gardner PP (2017)
A comprehensive benchmark of RNA-RNA interaction prediction tools for all domains of life
Bioinformatics, 33 (7), 988-996
PubMed 27993777
Umu SU, Poole AM, Dobson RC, Gardner PP (2016)
Avoidance of stochastic RNA interactions can be harnessed to control protein expression levels in bacteria and archaea
Elife, 5
PubMed 27642845
Lindgreen S, Umu SU, Lai AS, Eldai H, Liu W, McGimpsey S, Wheeler NE, Biggs PJ, Thomson NR, Barquist L, Poole AM, Gardner PP (2014)
Robust identification of noncoding RNA from transcriptomes requires phylogenetically-informed sampling
PLoS Comput Biol, 10 (10), e1003907
PubMed 25357249

Github: https://github.com/sinanugur
Twitter: https://twitter.com/sinanugur
Researchgate: https://www.researchgate.net/profile/Sinan_Umu
Pubmed: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/?term=sinan+umu