Integrert kreftgenomikk

Sist oppdatert: 23.09.2020

Seksjonens mål er å benytte molekylære analyser på biobankmateriale og bioinformatiske metoder for å forstå kreftutvikling og utvikle kreftbiomarkører.

Seksjon for integrert kreftgenomikk er en ny seksjon på forskningsavdelingen som ble etablert i 2020. Forskningen er primært finansiert gjennom finansiering fra Kreftforeningen, Forskningsrådet og EUs forskningsprogram.

Målet til seksjonen er å bruke data fra populasjons-baserte spørreundersøkelser, nasjonale helseregister og kliniske undersøkelser sammen med genomanalyser av biologisk materiale for å forstå kreftutvikling og utvikle nye kreftbiomarkører. Seksjonen bistår flere seksjoner med kompetanse innen bioinformatikk, genomikk, epigenetikk og mikrobiom. 

Pågående prosjekt

CRCbiome - tarmbakterier og livstil ved tarmscreening 

VegMeatCRC - bearbeidet kjøttinntak og tarmkreft

HPV-sekvensering for biomarkører  

Små-ikkekodendeRNA 

Epigenetikk og kreft 

EradicateGBC

Fin-HIT - The Finnish Health in Teens study

Utvalgte publikasjoner

Umu SU, Langseth H, Keller A, Meese E, Helland Å, Lyle R, Rounge TB (2019)
A 10-year prediagnostic follow-up study shows that serum RNA signals are highly dynamic in lung carcinogenesis
Mol Oncol (in press)
DOI 10.1002/1878-0261.12620, PubMed 31851411

Rounge TB, Lauritzen M, Erlandsen SE, Langseth H, Holmen OL, Gislefoss RE (2019)
Ultralow amounts of DNA from long-term archived serum samples produce quality genotypes
Eur J Hum Genet (in press)
DOI 10.1038/s41431-019-0543-x, PubMed 31719661
 

Raju SC, Viljakainen H, Figueiredo RAO, Neuvonen PJ, Eriksson JG, Weiderpass E, Rounge TB (2020)
Antimicrobial drug use in the first decade of life influences saliva microbiota diversity and composition
Microbiome, 8 (1), 121
DOI 10.1186/s40168-020-00893-y, PubMed 32825849

Bucher-Johannessen C, Page CM, Haugen TB, Wojewodzic MW, Fosså SD, Grotmol T, Haugnes HS, Rounge TB (2019)
Cisplatin treatment of testicular cancer patients introduces long-term changes in the epigenome
Clin Epigenetics, 11 (1), 179
DOI 10.1186/s13148-019-0764-4, PubMed 31796056 

Samarbeidspartnere

Torbjørn Rognes, Professor, University of Oslo

Eivind Hovig, Professor, University of Oslo and Oslo Universital Hospital

Ole Herman Ambur, Associate Professor, OsloMet

Robert Lyle, Core Facility Leader/Senior Scientist, Norwegian Sequencing Centre.  

Vahid Bemanian, Senior engineer/researcher, Akershus University Hospital

Pekka EllonenTechnology lab at FIMM, Helsinki, Finland

Irene Kraus Christiansen, Reseracher, Akershus University Hospital

Trine B Haugen, Professor, OsloMet

Justo Bermejo, Professor, University of Hiedelberg, Germany