HPV-sekvensering for biomarkører

HPV-sekvensering er en flerinstitusjonell forskningsgruppe med fokus på 1) HPV Biomarkører 2) HPV Evolusjon 3) HPV metodeutvikling. Vi bruker avansert sekvenserings teknologi for å nå våre mål.

Sist oppdatert: 09.03.2019

Utvikling av nye screeningtester

Over hele verden blir 500 000 kvinner diagnostisert med livmorhalskreft hvert år og en anbefaling fra WHO er å utvikle mer effektiv screening, med tester for tidlig og treffsikker påvisning av kreft.     

Dagens HPV-tester har høy sensitivitet for påvisning av HPV infeksjon, men kan i liten grad indikere hvem som kommer til å utvikle kreft. Det er derfor behov for tilleggstester som kan si noe om risiko for å utvikle kreft og som kan skille mellom de som trenger oppfølging og ikke. Det langsiktige målet for denne forskningsgruppen er å utvikle en diagnostisk test for å forbedre dagens praksis for screening mot livmorhalskreft. 

Delprosjekt

Det dynamiske HPV genomet og kreft
 
Målet med dette ph.d.-prosjektet er å undersøke hvordan genomene til Humane Papillomavirus (HPVer) endrer seg gjennom en infeksjon. HPVer er evolusjonært sett stabile og sakte evolverende virus, men tidligere studier gjennomført av vår forskningsgruppe har avslørt at HPV populasjoner innad i pasienter er mye mer varierte enn hva man tidligere har visst. Vi ønsker å utforske denne variasjonen, hvordan den endrer seg gjennom en infeksjon innad i en pasient og om noen varianter bærer med seg høyere risiko for å utvikle kreft. For å oppnå dette helgenomsekvenserer vi tusenvis av høyrisiko HPV typer fra kliniske livmorhalsprøver og     undersøker det dynamiske forholdet mellom HPV mutasjoner, infeksjonslengde og risiko for kreft.

Utvalgte publikasjoner:

Lagström S, Umu SU, Lepistö M, Ellonen P, Meisal R, Christiansen IK, Ambur OH, Rounge TB (2019)  TaME-seq: An efficient sequencing approach for characterisation of HPV genomic variability and chromosomal integration Sci Rep, 9 (1), 524

DOI 10.1038/s41598-018-36669-6, PubMed 30679491

 

Dube Mandishora RS, Gjøtterud KS, Lagström S, Stray-Pedersen B, Duri K, Chin'ombe N, Nygård M, Christiansen IK, Ambur OH, Chirenje MZ, Rounge TB (2018)
Intra-host sequence variability in human papillomavirus
Papillomavirus Res, 5, 180-191
DOI
10.1016/j.pvr.2018.04.006
, PubMed 29723682

 

Dube Mandishora RS, Christiansen IK, Chin'ombe N, Duri K, Ngara B, Rounge TB, Meisal R, Ambur OH, Palefsky JM, Stray-Pedersen B, Chirenje ZM (2017)
Genotypic diversity of anogenital human papillomavirus in women attending cervical cancer screening in Harare, Zimbabwe
J Med Virol, 89 (9), 1671-1677
DOI
10.1002/jmv.24825
, PubMed 28390142

 

Meisal R, Rounge TB, Christiansen IK, Eieland AK, Worren MM, Molden TF, Kommedal Ø, Hovig E, Leegaard TM, Ambur OH (2017)
HPV Genotyping of Modified General Primer-Amplicons Is More Analytically Sensitive and Specific by Sequencing than by Hybridization
PLoS One, 12 (1), e0169074
DOI
10.1371/journal.pone.0169074
, PubMed 28045981

Samarbeidpartnere:

Pekka EllonenInstitute for Molecular Medicine Finland (FIMM) 

Racheal Mandishora, University of Zimbabwe

Mari Nygård, CRN

Ameli Tropé, CRN

Audrey KingNational Institute for Public Health and the Environment (RIVM)

Pascal van der WeeleRIVM

Ignacio BravoLe Centre national de la recherche scientifique (CNRS), France