HPV-sekvensering for biomarkører
Bakgrunn
Humant papillomavirus (HPV) er den etiologiske agenten for livmorhalskreft og andre anogenitale maligniteter samt kreft i hodet/halsen. Vanligvis er HPV-infeksjoner forbigående og løses innen relativt kort tid, typisk 1-2 år. Langvarige HPV-infeksjoner kan imidlertid vare i flere år og kan føre til gradvis transformasjon til kreft. Hvorfor typisk godartede infeksjoner utvikler seg til ondartede tilstander, forblir ukjent.
Mer enn 200 HPV-typer er karakterisert. Av disse er fjorten kreftfremkallende HPV-typer (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 og 68) ansvarlige for nesten alle HPV-induserte kreftformer.
Metodeutvikling
Høykapasitets HPV-genotyping ved bruk av NGS-teknologi kan øke sensitiviteten og spesifisiteten både i kliniske og epidemiologiske sammenhenger. Vi har utviklet en arbeids- og kostnadseffektiv genotyping-protokoll med forbedret analytisk sensitivitet og spesifisitet. I tillegg til å identifisere kreftfremkallende og andre HPV-typer, tillater protokollen vår karakterisering av nukleotiddiversitet i målgene relevant for studier av patogenutvikling og vaksineflukt.
HPV-genotyping for kreftrisikoprediksjon baserer seg ofte på genet som koder for den virale kapsiden; målestokken for HPV-taksonomi. Imidlertid finnes årsakssammenhenger mellom virale varianter og kreftutvikling andre steder i det virale genom. Derfor har vi utviklet en helgenomsekvenseringsmetode for HPV (HPV-WGS) for optimal oppløsning i pågående søk etter sammenhenger mellom virale varianter og kreftutvikling.
Vår forskningsgruppe har avdekket at HPV-populasjoner innenfor en pasient er mye mer variabel enn tidligere kjent. Vi ønsker å undersøke denne variabiliteten, hvordan den endres gjennom en infeksjon hos de samme pasientene og om noen varianter har større sannsynlighet for å utvikle kreft. For å oppnå dette vil vi helgenomsekvensere høyrisiko HPV-typer fra tusenvis av kliniske cervikale prøver og undersøke det dynamiske forholdet mellom HPV-mutasjoner, infeksjonsvarighet og kreftfare.
Se liste over publikasjoner
Lagström S, van der Weele P, Rounge TB, Christiansen IK, King AJ, Ambur OH. HPV16 whole genome minority variants in persistent infections from young Dutch women. J Clin Virol. 2019 Oct;119:24-30. doi: 10.1016/j.jcv.2019.08.003. Epub 2019 Aug 12. Erratum in: J Clin Virol. 2020 Mar;124:104286. PMID: 31446251.
Lagström S, Umu SU, Lepistö M, Ellonen P, Meisal R, Christiansen IK, Ambur OH, Rounge TB. TaME-seq: An efficient sequencing approach for characterisation of HPV genomic variability and chromosomal integration. Sci Rep. 2019 Jan 24;9(1):524. doi: 10.1038/s41598-018-36669-6. PMID: 30679491; PMCID: PMC6345795.
Dube Mandishora RS, Gjøtterud KS, Lagström S, Stray-Pedersen B, Duri K, Chin'ombe N, Nygård M, Christiansen IK, Ambur OH, Chirenje MZ, Rounge TB. Intra-host sequence variability in human papillomavirus. Papillomavirus Res. 2018 Jun;5:180-191. doi: 10.1016/j.pvr.2018.04.006. Epub 2018 Apr 30. PMID: 29723682; PMCID: PMC6047465.
Dube Mandishora RS, Christiansen IK, Chin'ombe N, Duri K, Ngara B, Rounge TB, Meisal R, Ambur OH, Palefsky JM, Stray-Pedersen B, Chirenje ZM. Genotypic diversity of anogenital human papillomavirus in women attending cervical cancer screening in Harare, Zimbabwe. J Med Virol. 2017 Sep;89(9):1671-1677. doi: 10.1002/jmv.24825. Epub 2017 Jun 15. PMID: 28390142.
Meisal R, Rounge TB, Christiansen IK, Eieland AK, Worren MM, Molden TF, Kommedal Ø, Hovig E, Leegaard TM, Ambur OH. HPV Genotyping of Modified General Primer-Amplicons Is More Analytically Sensitive and Specific by Sequencing than by Hybridization. PLoS One. 2017 Jan 3;12(1):e0169074. doi: 10.1371/journal.pone.0169074. PMID: 28045981; PMCID: PMC5207713.
