Bakgrunn
Over hele verden blir 500 000 kvinner diagnostisert med livmorhalskreft hvert år og en anbefaling fra WHO er å utvikle mer effektiv screening, med tester for tidlig og treffsikker påvisning av kreft.
Dagens HPV-tester har høy sensitivitet for påvisning av HPV infeksjon, men kan i liten grad indikere hvem som kommer til å utvikle kreft. Det er derfor behov for tilleggstester som kan si noe om risiko for å utvikle kreft og som kan skille mellom de som trenger oppfølging og ikke. Det langsiktige målet for denne forskningsgruppen er å utvikle en diagnostisk test for å forbedre dagens praksis for screening mot livmorhalskreft.
Delprosjekt
ane Papillomavirus (HPVer) endrer seg gjennom en infeksjon. HPVer er evolusjonært sett stabile og sakte evolverende virus, men tidligere studier gjennomført av vår forskningsgruppe har avslørt at HPV populasjoner innad i pasienter er mye mer varierte enn hva man tidligere har visst. Vi ønsker å utforske denne variasjonen, hvordan den endrer seg gjennom en infeksjon innad i en pasient og om noen varianter bærer med seg høyere risiko for å utvikle kreft. For å oppnå dette helgenomsekvenserer vi tusenvis av høyrisiko HPV typer fra kliniske livmorhalsprøver og undersøker det dynamiske forholdet mellom HPV mutasjoner, infeksjonslengde og risiko for kreft.Utvalgte publikasjoner
HPV16 whole genome minority variants in persistent infections from young Dutch women
J Clin Virol, 119, 24-30
DOI 10.1016/j.jcv.2019.08.003, PubMed 31446251
Lagström S, Umu SU, Lepistö M, Ellonen P, Meisal R, Christiansen IK, Ambur OH, Rounge TB (2019) TaME-seq: An efficient sequencing approach for characterisation of HPV genomic variability and chromosomal integration Sci Rep, 9 (1), 524
DOI 10.1038/s41598-018-36669-6, PubMed 30679491
Dube Mandishora RS, Gjøtterud KS, Lagström S, Stray-Pedersen B, Duri K, Chin'ombe N, Nygård M, Christiansen IK, Ambur OH, Chirenje MZ, Rounge TB (2018)
Intra-host sequence variability in human papillomavirus
Papillomavirus Res, 5, 180-191
DOI 10.1016/j.pvr.2018.04.006, PubMed 29723682
Dube Mandishora RS, Christiansen IK, Chin'ombe N, Duri K, Ngara B, Rounge TB, Meisal R, Ambur OH, Palefsky JM, Stray-Pedersen B, Chirenje ZM (2017)
Genotypic diversity of anogenital human papillomavirus in women attending cervical cancer screening in Harare, Zimbabwe
J Med Virol, 89 (9), 1671-1677
DOI 10.1002/jmv.24825, PubMed 28390142
Meisal R, Rounge TB, Christiansen IK, Eieland AK, Worren MM, Molden TF, Kommedal Ø, Hovig E, Leegaard TM, Ambur OH (2017)
HPV Genotyping of Modified General Primer-Amplicons Is More Analytically Sensitive and Specific by Sequencing than by Hybridization
PLoS One, 12 (1), e0169074
DOI 10.1371/journal.pone.0169074, PubMed 28045981
