HPV-sekvensering for biomarkører
Bakgrunn
Humant papillomavirus (HPV) er den etiologiske agenten for livmorhalskreft og andre anogenitale maligniteter samt kreft i hodet/halsen. Vanligvis er HPV-infeksjoner forbigående og løses innen relativt kort tid, typisk 1-2 år. Langvarige HPV-infeksjoner kan imidlertid vare i flere år og kan føre til gradvis transformasjon til kreft. Hvorfor typisk godartede infeksjoner utvikler seg til ondartede tilstander, forblir ukjent.
Mer enn 200 HPV-typer er karakterisert. Av disse er fjorten kreftfremkallende HPV-typer (16, 18, 31, 33, 35, 39, 45, 51, 52, 56, 58, 59, 66 og 68) ansvarlige for nesten alle HPV-induserte kreftformer.
Metodeutvikling
Høykapasitets HPV-genotyping ved bruk av NGS-teknologi kan øke sensitiviteten og spesifisiteten både i kliniske og epidemiologiske sammenhenger. Vi har utviklet en arbeids- og kostnadseffektiv genotyping-protokoll med forbedret analytisk sensitivitet og spesifisitet. I tillegg til å identifisere kreftfremkallende og andre HPV-typer, tillater protokollen vår karakterisering av nukleotiddiversitet i målgene relevant for studier av patogenutvikling og vaksineflukt.
HPV-genotyping for kreftrisikoprediksjon baserer seg ofte på genet som koder for den virale kapsiden; målestokken for HPV-taksonomi. Imidlertid finnes årsakssammenhenger mellom virale varianter og kreftutvikling andre steder i det virale genom. Derfor har vi utviklet en helgenomsekvenseringsmetode for HPV (HPV-WGS) for optimal oppløsning i pågående søk etter sammenhenger mellom virale varianter og kreftutvikling.
Vår forskningsgruppe har avdekket at HPV-populasjoner innenfor en pasient er mye mer variabel enn tidligere kjent. Vi ønsker å undersøke denne variabiliteten, hvordan den endres gjennom en infeksjon hos de samme pasientene og om noen varianter har større sannsynlighet for å utvikle kreft. For å oppnå dette vil vi helgenomsekvensere høyrisiko HPV-typer fra tusenvis av kliniske cervikale prøver og undersøke det dynamiske forholdet mellom HPV-mutasjoner, infeksjonsvarighet og kreftfare.
Lagström S, van der Weele P, Rounge TB, Christiansen IK, King AJ, Ambur OH. HPV16 whole genome minority variants in persistent infections from young Dutch women. J Clin Virol. 2019 Oct;119:24-30. doi: 10.1016/j.jcv.2019.08.003. Epub 2019 Aug 12. Erratum in: J Clin Virol. 2020 Mar;124:104286. PMID: 31446251.
Lagström S, Umu SU, Lepistö M, Ellonen P, Meisal R, Christiansen IK, Ambur OH, Rounge TB. TaME-seq: An efficient sequencing approach for characterisation of HPV genomic variability and chromosomal integration. Sci Rep. 2019 Jan 24;9(1):524. doi: 10.1038/s41598-018-36669-6. PMID: 30679491; PMCID: PMC6345795.
Dube Mandishora RS, Gjøtterud KS, Lagström S, Stray-Pedersen B, Duri K, Chin'ombe N, Nygård M, Christiansen IK, Ambur OH, Chirenje MZ, Rounge TB. Intra-host sequence variability in human papillomavirus. Papillomavirus Res. 2018 Jun;5:180-191. doi: 10.1016/j.pvr.2018.04.006. Epub 2018 Apr 30. PMID: 29723682; PMCID: PMC6047465.
Dube Mandishora RS, Christiansen IK, Chin'ombe N, Duri K, Ngara B, Rounge TB, Meisal R, Ambur OH, Palefsky JM, Stray-Pedersen B, Chirenje ZM. Genotypic diversity of anogenital human papillomavirus in women attending cervical cancer screening in Harare, Zimbabwe. J Med Virol. 2017 Sep;89(9):1671-1677. doi: 10.1002/jmv.24825. Epub 2017 Jun 15. PMID: 28390142.
Meisal R, Rounge TB, Christiansen IK, Eieland AK, Worren MM, Molden TF, Kommedal Ø, Hovig E, Leegaard TM, Ambur OH. HPV Genotyping of Modified General Primer-Amplicons Is More Analytically Sensitive and Specific by Sequencing than by Hybridization. PLoS One. 2017 Jan 3;12(1):e0169074. doi: 10.1371/journal.pone.0169074. PMID: 28045981; PMCID: PMC5207713.
