Små ikke-kodende RNA som tidlige biomarkører for kreft

Små ikke-kodende RNA (sncRNA) er involvert i utallige cellulære prossesser i forbindelse med kreftutvikling. Vi undersøker om sncRNA kan fungere i tidlig deteksjon og som potensiell screening-biomarkør for kreft.

 Sist oppdatert: 08.05.2018

Fra venstre: Robert Lyle, Trine B. Rounge, Magnus Leithaug, Hilde Langseth, Sinan Ugur Umu, Marianne Lauritzen and Cecilie Bucher-Johannessen 

Sammendrag

Serum inneholder mange forskjellige typer RNA-molekyler som for eksempel protein-kodende messengerRNA (mRNA), microRNAs, piRNAs, transfer RNAs (tRNAs) og andre miscellaneous non-coding RNA molekyler. Regulatoriske ncRNAs, og spesielt miRNAs, har blitt assosiert med både kreft og andre sykdommer, og kan potensielt være en lovende biomarkør for kreft.

Vi har initiert og leder to store biomarkørprosjekter på små ikke-kodende RNA på Kreftregisteret. Prosjektene er i samarbeid med Norsk Sekvenseringssenter (NSC) på Oslo Universitetssykehus (OUS), Saarland Universitet, og bioinformatiske fasiliteter ved Universitetet i Oslo. 

Pre-diagnostiske prøver fra  Janus Serumbank (JSB), kreftdata fra registeret, og data fra nasjonale helseundersøkelser gir en unik mulighet til å finne tidlige biomarkører for kreft. 

Prosjektet er finansiert av Forskningsrådet. 

Bakgrunn

Hvert år får rundt 30.000 nordmenn diagnosen kreft, og det er en ledende dødsårsak i Norge.

Tykk- og endetarmskreft har de senere årene blitt en av de krefttypene med hyppigst forekomst i Norge, og antall årlige tilfeller har økt jevnlig siden 1960-årene for både kvinner og menn. Symptomer på tykk- og endetarmskreft viser seg gjerne i et sent stadium, når prognosen allerede er dårlig.

I tillegg er lungekreft en av de fremste dødsårsakene for både menn og kvinner, og den årlige forekomsten øker fortsatt, på tross av at det har blitt færre røykere. Grunnet mangel på effektiv screening for tidlig diagnose er prognosen for lungekreftpasienter generelt dårlig.

Formålet med forskningen

Formålet med prosjektene er å undersøke om sncRNA kan være en tidlig biomarkør for kreft, og langsiktig inngå i screeningprogrammer mot kreft. 

Data

sncRNA er små ikke-kodende RNA som spiller en sentral rolle i utvikling av kreftsykdom.

Vi har allerede produsert  miRNA-profiler i et stort dataset fra JSB. Vi har nådd en gjennomsnitts-sekvenseringsdybde på 18 millioner sekvenser, og identifisert mer enn 600 unike miRNAs per prøve i tillegg til andre sncRNA (se figur under). 

Vi jobber for øyeblikket med å gjøre dataene tilgjengelig for andre nasjonale og internasjonale forskningsgrupper. 

 

 

 

 

 

Samarbeidspartnere

 

Norsk Sekvenseringssenter

Kjernefasilitetsleder, Robert Lyle, PhD

Lab-tekniker, Magnus Leithaug, BSc

 

 

Saarland Universitet:

Chair for Clinical Bioinformatics, Andreas Keller, PhD

Institute of Human Genetics, Eckart Meese, PhD

 

 

Institutt for Kreftforskning ved Oslo Universitetssykehus:

Institutt for Tumorbiologi og forskningsgruppen for biomedisinsk informatikk, Prof. Eivind Hovig, PhD

Institutt for Molekylær Onkologi, Prof. Ragnhild A. Lothe, PhD

Institutt for Onkologi, Assoc. Prof Åslaug Helland, MD

Institutt for Kreftforskning, Bastian Fromm, PhD, Post Doc

 

Høyskolen i Oslo og Akershus 

Fakultet for Helsefag, Trine B. Haugen

 

 

Universitet i Heidelberg 

Medisinsk Biometri, Prof. Justo Lorenzo Bermejo, MD

zurück zur Startseite

 

Karolinska Instituttet

Institusjonen for Medisinsk Epidemiologi og Biostatistikk, Prof. Fredrik Wiklund

Bilderesultat for karolinska institutet

Oversikt over pågående prosjekter

Genome-wide miRNA profiling in prediagnostic samples from Janus Serum Bank for early diagnosis, improved therapy & surveillance of cancer 

Biomarkers of Cancer: Biocomputional analysis of data from population-based biobanks and health registries

Genetic susceptibility to testicular cancer 

miRNA signatures in patients with colon cancer, breast cancer and lung cancer  

Identification of biomarkers for gallbladder cancer risk prediction- Towards personalized prevention of an orphan disease

 

Hvordan få tilgang til data

For tilgang til datasettet, må det foreligge en prosjektbeskrivelse, godkjenning fra REK (De regionale komiteer for medisinsk og helsefaglig forskningsetikk) og data access committee. Data access committee består av forsker Hilde Langseth, forsker Trine B Rounge, direktør Giske Ursin og jurist Hilde Olav.

For dataforespørsler send en mail til miRJanus[a]kreftregisteret.no.

Det vil påløpe noen administrative kostnader i forbindelse med tilgang til data og prisen vil avhenge av kompleksiteten i uttrekket.  

 

Publikasjoner

Rounge TB, Umu SU, Lyle R, Langseth H, et al 2018. "Circulating small non-coding RNAs associated with age, sex, smoking, body mass and physical activity". Submitted publication. 

Umu SU, Langseth H, Bucher-Johannessen C, Lauritzen M, Leithaug M, Lyle R, Rounge TB, et al 2017.  "A comprehensive profile of circulating RNAs in human serum"

Fehlmann T, Langseth H, Rounge TB, Umu SU, et al 2017. "A high-resolution map of the human small non-coding transcriptome"

Keller A, Rounge TB, Langseth H, et al 2017. "Sources to variability in circulating human miRNA signatures". 

Rounge TB, Langseth H, Lauritzen M, et al. 2015. "microRNA Biomarker Discovery and High-Throughput DNA Sequencing Are Possible Using Long-term Archived Serum Samples".

Keller A, Langseth H, et al. 2011. "Stable serum miRNA profiles as potential tool for non-invasive lung cancer diagnosis".

 

Publisert: 24.08.2017