JanusRNA - identifisering av tidlige biomarkører for kreft
Fra høyere: Sinan Ugur Umu, Robert Lyle, Hilde Langseth, Trine Rounge, Katarina B. Skogstrøm, Sina Rostami and Marianne Lauritzen
Sammendrag
Serum inneholder mange forskjellige typer RNA-molekyler som for eksempel protein-kodende messengerRNA (mRNA), microRNAs (miRNA), piRNAs, transport-RNAs (tRNAs) og andre ikke-kodende RNA (ncRNA) molekyler. Regulatoriske RNAer har blitt assosiert med både kreft og andre sykdommer, og kan potensielt være lovende biomarkører for kreft.
Vi har initiert og leder flere store prosjekter som studerer RNA som tidlig markører for kreft og hvilke betydning RNA har i kreftutvikling. Vi samarbeider tett med Norsk Sekvenseringssenter (NSC) på Oslo Universitetssykehus (OUS), bioinformatiske fasiliteter ved Universitetet i Oslo og flere kliniske miljøer. En rekke internasjonale samarbeidspartnere er også involvert.
Studien anvender prediagnostiske prøver fra Janus Serumbank (JSB), detaljert informasjon om kreftdiagnoser fra Kreftregisteret, og epidemiologiske data fra nasjonale helseundersøkelser. Dette gir en unik mulighet til å finne tidlige biomarkører for kreft.
Prosjektet er finansiert av Forskningsrådet, Kreftforeningen og EU Horizon 2020.
Bakgrunn
Hvert år får rundt 34.000 nordmenn diagnosen kreft, og det er en ledende dødsårsak i Norge.
Tykktarmskreft har de senere årene blitt en av de krefttypene med hyppigst forekomst i Norge, og antall årlige tilfeller har økt jevnlig siden 1960-årene for både kvinner og menn. Symptomer på tykktarmskreft viser seg gjerne i et sent stadium, når prognosen allerede er dårlig.
I tillegg er lungekreft en av de fremste dødsårsakene for både menn og kvinner, og den årlige forekomsten øker fortsatt, på tross av at det har blitt færre røykere. Grunnet mangel på effektiv screening for tidlig diagnose er prognosen for lungekreftpasienter generelt dårlig.
Kreft i prostata og bryst er de hyppigst forekommende kreftformer blant henholdsvis menn og kvinner og utgjør 30% av alle krefttilfeller. Overlevelse av kreftsykdom avhenger mye av hvor tidlig diagnosen kan stilles og behandling kan igangsettes. Flere nøkkeltall fra Kreftregisteret: https://www.kreftregisteret.no/Temasider/om-kreft/
Formålet med forskningen
Formålet med prosjektene er å undersøke om RNA kan være en tidlig biomarkør for kreft, og langsiktig inngå i screeningprogrammer mot kreft.
Data
Vi har allerede produsert RNA-profiler i et stort datasett fra Janus serumbank. Vi har nådd en gjennomsnitts-sekvenseringsdybde på 18 millioner sekvenser, og identifisert mer enn 600 unike miRNAs per prøve i tillegg til en rekke andre RNA (se figur 1).
Vi jobber for øyeblikket med å gjøre dataene tilgjengelig for andre nasjonale og internasjonale forskningsgrupper.
Oversikt over pågående prosjekter
Genome-wide miRNA profiling in prediagnostic samples from Janus Serum Bank for early diagnosis, improved therapy & surveillance of cancer
Biomarkers of Cancer: Biocomputional analysis of data from population-based biobanks and health registries
Genetic susceptibility to testicular cancer
miRNA signatures in patients with colon cancer, breast cancer and lung cancer
EULAT Eradicate Gallbladder cancer – funded by Horizon2020
PREDICT: the Prospective Early Detection Consortium for ovarian cancer
Hvordan få tilgang til data
Alle forskningsprosjekter som omfatter opplysninger og/eller biologisk materiale fra Janus serumbank, krever etisk forhåndsgodkjenning fra Regional Etisk Komite (REK), og må i tillegg ha lovlig behandlingsgrunnlag etter personvernforordningen (GDPR) artikkel 6 og artikkel 9. Søker må også har vurdert behov for personvernkonsekvensvurdering etter GDPR artikkel 35. Søker må godtgjøre at kravene er oppfylt før data kan gjøres tilgjengelige. Utlevering av opplysninger og/eller biologisk materiale til tredjestater frutsetter at villkårene i GDPR er oppfylt. For mer informasjon send en mail til miRJanus[a]kreftregisteret.no.
Publikasjoner
Masood Abu-Halima, Andreas Keller, Lea Simone Becker, Ulrike Fischer, Annika Engel, Nicole Ludwig, Fabian Kern, Trine B. Rounge, Hilde Langseth, Eckart Meese, and Verena Keller, 2022. "Dynamic and static circulating cancer microRNA biomarkers – a validation study".
Sinan U Umu, Hilde Langseth, Verena Zuber, Åslaug Helland, Robert Lyle and Trine B Rounge, 2022. "Serum RNAs can predict lung cancer up to 10 years prior to diagnosis".
Hilde Langseth, Sinan Ugur Umu, Cecilie Bucher-Johannessen, Ronnie Babigumira, Magnus Leithaug, Marianne Lauritzen, Paolo Vineis, Giske Ursin, Robert Lyle, Trine B. Rounge, 2021. "Data Resource Profile: thousands of circulating RNA profiles of pre-clinical samples from the Janus Serum Bank Cohort".
Dominique Scherer, Marcela Dávila López, Benjamin Goeppert, Sanna Abrahamsson, Rosa González Silos, Igor Nova, Katherine Marcelain, Juan C. Roa, David Ibberson, Sinan U. Umu, Trine Ballestad Rounge, Stephanie Roessler, and Justo Lorenzo Bermejo, 2020. “RNA Sequencing of Hepatobiliary Cancer Cell Lines: Data and Applications to Mutational and Transcriptomic Profiling”
Joshua Burton, Sinan U. Umu, Hilde Langseth, Tom Grotmol, Tom K. Grimsrud, Trine B. Haugen and Trine B. Rounge, 2020. “Serum RNA Profiling in the 10-Years Period Prior to Diagnosis of Testicular Germ Cell Tumor”.
Johannes Brägelmann, […], Sinan U. Umu, Trine B. Rounge, Odilia Popanda, Justo Lorenzo Bermejo, 2020. "Epigenome-Wide Analysis of Methylation Changes in the Sequence of Gallstone Disease, Dysplasia, and Gallbladder Cancer".
Andreas Keller , Tobias Fehlmann , Christina Backes , Fabian Kern , Randi Gislefoss , Hilde Langseth , Trine B. Rounge , Nicole Ludwig & Eckart Meese, 2020. "Competitive learning suggests circulating miRNA profiles for cancers decades prior to diagnosis".
Umu SU, Langseth H, Keller A, Meese E, Helland Å, Lyle R, Rounge TB, 2019. "A 10 year prediagnostic followup study shows that serum RNA signals are highly dynamic in lung carcinogenesis"
Rounge TB, Umu SU, Lyle R, Langseth H, et al 2018. "Circulating small non-coding RNAs associated with age, sex, smoking, body mass and physical activity".
Umu SU, Langseth H, Bucher-Johannessen C, Lauritzen M, Leithaug M, Lyle R, Rounge TB, et al 2017. "A comprehensive profile of circulating RNAs in human serum"
Fehlmann T, Langseth H, Rounge TB, Umu SU, et al 2017. "A high-resolution map of the human small non-coding transcriptome".
Keller A, Rounge TB, Langseth H, et al 2017. "Sources to variability in circulating human miRNA signatures".
Rounge TB, Langseth H, Lauritzen M, et al. 2015. "microRNA Biomarker Discovery and High-Throughput DNA Sequencing Are Possible Using Long-term Archived Serum Samples".
Keller A, Langseth H, et al. 2011. "Stable serum miRNA profiles as potential tool for non-invasive lung cancer diagnosis".
Publisert: 24.08.2017
