CRCbiome epigenom
Studiefokus
I dette prosjektet skal vi se på DNA-metyleringsmønstre i vevsprøver fra tarmen som har ulike stadier av kreftutvikling. Disse prøvene ble tatt under koloskopi. Senere kan vi se om disse forskjellene kan knyttes til det som skjer i tarmen og blodet.
Mål
- Identifisere epigenetiske forskjeller mellom ikke-neoplastiske funn, ikke-avanserte lesjoner, avanserte lesjoner og tarmkreft.
- Identifisere assosiasjoner og korrelasjoner mellom de epigenomiske profilene til lesjonene med kliniske faktorer, tarmmikrobiom og blodtranskriptom-biomarkører.
Metoder.png)
DNA-ekstraksjon fra tarmvev, og produksjon av DNA-metyleringsprofiler, vil bli utført i etablerte samarbeid. Ekstraksjonen vil bli utført ved Akershus universitetssykehus, og produksjonen av DNA-metyleringsprofiler vil bli utført i Tyskland ved Life & Brain, som er en av de ledende tjenesteleverandørene for alle typer mikroarray-eksperimenter ved bruk av Illumina-teknologi i Europa.
Status
Vevsprøvene fjernet under koloskopi kommer fra to ulike norske sykehus, Østfold sykehus og Vestre Viken sykehus. Totalt var det omtrent 500 prøver som passet våre kriterier og ble inkludert i denne studien, med ca. halvparten fra det ene sykehuset og halvparten fra det andre.
- DNA-ekstraksjon fra den første halvparten av vevsprøvene er gjennomført. Vi venter nå på den andre halvparten av prøvene.
Neste steg
- Når DNA prøvene er klare, vil de bli sendt til service-laboratoriet i Bonn, Tyskland, for DNA-metyleringsanalyse.
- DNA-metyleringsdataene vil bli ytterligere analysert av forskere i prosjektet, for å se etter mønstre eller endringer som kan være assosiert med utviklingen av tarmkreft.
