Tarmbakterier og livsstil ved tarmscreening (CRCbiome)
Bakgrunn
Screening mot tarmkreft reduserer forekomst av og dødelighet i tarmkreft. Dagens tester for screening kan likevel utvikles til å være mindre plagsomme for deltagere, samtidig som de kan bli mer nøyaktige og billigere.
Det er sammenheng mellom den enkeltes tarmflora og tarmkreftutvikling. Det er nå mulig å kartlegge alle bakterier som finnes i tarmen, kalt mikrobiota, og eventuelt avgjøre hvilke bakterier som spiller en rolle i tarmkreftutviklingen. Ved hjelp av denne informasjonen kan vi utvikle tester som kan brukes i fremtiden.
Kosthold og livsstilsvaner som røyking, fysisk aktivitet, alkoholkonsum og overvekt påvirker risikoen for tarmkreft, delvis gjennom å endre tarmens bakterieflora. Dette samspillet er likevel lite kjent.
For å forstå hvilke bakterier i tarmen som kan brukes til å oppdage forstadier eller kreft tidlig, er det behov for studier som undersøker både tarmbakterier og livsstilsfaktorer i sammenheng med utvikling av tarmpolypper.
Hensikt
Denne studien er et underprosjekt av screening mot tarmkreft. Vårt hovedmål er å utvikle nye tester for tarmbakterier som kan brukes i screeningprogrammet slik at prøvetagning forenkles og resultatet blir sikrere.
Vi vil også undersøke om det er sammenheng mellom kosthold og livsstil, tarmflora og tarmkreftutvikling.
Da kan vi forbedre råd om forebygging av kreft samt øke nøyaktigheten på testene.
Foruten det overordnede målet om å utvikle en ny test for tarmkreft, har studien også flere delmål:
• Identifisere assosiasjoner mellom tarmbakterier og forstadier av kreft i en norsk screeningbefolkning.
• Finne sammenheng mellom livsstilsfaktorer, tarmbakterier og forstadier av tarmkreft.
• Undersøke hvordan mikrobielle biomarkører endres ved fjerning av polypper som har stor risiko for å utvikle seg til kreft.
Design
CRCbiome-studien har rekruttert deltakere som er registrert i studien Bowel Cancer Screening in Norway (BCSN), et pilotprosjekt på det nylig innførte tarmscreeningprogrammet. Nærmere 3000 screeningdeltakere med en positiv avføringsprøve (FIT-test) ble invitert til å delta i vår studie.
Før koloskopien ble studiedeltakerne bedt om å fylle ut et livsstils- og demografisk spørreskjema og et validert spørreskjema for matfrekvens, utviklet ved Universitetet i Oslo. Polypper oppdaget som en del av screeningundersøkelsen ble fjernet under koloskopi. To og tolv måneder etter koloskopien ble deltakerne bedt om en ny FIT-test. Med dette er det mulig å undersøke om mikrobiomet endres etter fjerning av eventuelle forstadier til kreft. Mer om studiedesign og data kan du lese vår studeidesign-artikkel.
Deltakerinformasjon
Deltar du i pilotprosjekt på tarmscreening og har blitt invitert til å delta i vår studie? Les her for mer informasjon.
Genomanalyser i CRCbiome
For å få dypere forståelse av sammenhengen mellom tarmkreft og tarmflora starter vi i 2022 et prosjekt hvor vi vil se på sammenhenger mellom mikrobiomet og epigenetiske endringer i vevsbiter som ble fjernet under koloskopi for noen av deltakerne i CRCbiome. Vi skal også ta et dypdykk i tarmfloraen for å se hvordan samspillet mellom bakterier, virus, bakteriefager og sopp kan påvirke tarmkreftutviklingen.
Status
Rekrutteringen av studiedeltakere startet i september 2017 og er nå avsluttet med totalt 1640 deltakere. Spørreskjemadataene er ferdig utfylt og kvalitetsikret. DNA-ekstraksjonsprotokollen er fullført, og alle prøvene er sekvensert. Vi har etablert bioinformatiske kommandokøer og startet å analysere metagenomdataene. I 2022 flyttet majoriteten av gruppen fra Kreftregisteret til lokaler på Universitetet i Oslo, både Senter for bioinformatikk og Farmasøytisk institutt.
Paula Istvan startet som affiliert postdoktor i november 2020. Hun studerer FIT-viromet og effekten av de ekstra hygieniske tiltakene som ble tatt i bruk under corona-pandemien på tarmmikrobiotaen. Einar Birkeland startet som postdoktor i mars 2020 og er nå forsker på prosjektet. Han jobber med metagenomanalyser. Cecilie Bucher-Johannessen begynte som doktorgradsstudent i mars 2020. Hun undersøker kjønnsforskjeller i tarmmikrobiota og CRC, og interaksjoner med antibiotikabruk. Ane Sørlie Kværner begynte som postdoktor i august 2019. Hun jobber med livsstils- og kostholdsanalyser. Ekaterina Avershina begynte som forsker i mai 2022. Hun jobber med epigenomanalyser av polypper fjernet under koloskopi. Maja Jacobsen begynte i mai 2022 som prosjektkoordinator og laboratorieingeniør.
Publikasjoner
The CRCbiome study: a large prospective cohort study examining the role of lifestyle and the gut microbiome in colorectal cancer screening participants
BMC Cancer DOI 10.1186/s12885-021-08640-8
Tilknyttede prosjekter
Sammenheng mellom bearbeidet mat og tarmkreft
Kreftregisteret jobber også med andre studier på temat tarmbakterier, livsstil og tarmkreft. Dette prosjektet er et samarbeid med Nofima, og formålet er å undersøke hvordan bearmeidede kjøttprodukter, spesielt pølser, påvirker risikoen for tarmkreft. Les mer på prosjektnettsiden.
Mikrobielle biomarkører i NORCCAP-kohorten
I dette prosjektet brukes prøver innsamlet i NORCCAP-studien, for å undersøke om det er mulig å finne mikrobielle biomarkører for tarmkreft. Prøvene er innsamlet for opptil 18 år siden. Dette gjør det mulig å undersøke sammenhengen mellom tarmbakterier og risiko for fremtidig tarmkreft. Les mer på prosjektnettsiden.
Masteroppgaver
Flere masterstudenter bruker data fra prosjektet i sine masteroppgaver.
Pågående prosjekter
Arfa Irej Qureshi – The Mycobiome – starter August 2022
Jenny Fjørtoft – Regional differences in the microbiome – starter August 2022
Frøya Berg Grønvik – Intake of dairy products and advanced neoplasia – starter August 2022
Simon N Barak – VIRMAKE: a Snakemake workflow for viral identification of metagenomic sequence data – starter August 2022
Fullførte prosjekter
Ignas Rumbavicius – Tool to remove specific organisms from microbiome sequencing data: Host Contamination Removal Tool (HoCoRT) – fullført 2022
Monica Linnea Dahlgren – Intake of NOVA classified processed foods at different stages of colorectal carcinogenesis: A cross-sectional investigation among Norwegian adults - fullført 2022
Emilie Syse Jalland – Identification of participants in need of colonoscopy in a FIT-positive screening population with the use of diet and lifestyle factors - fullført 2022
Henrik Olsvik – Developing a pipeline for deep analysis of cancer causing genes in the gut microbiome – fullført 2021
Astrid Riseth Andersen - Associations of the WCRF/AICR recommendations with stages of colorectal carcinogenesis: A cross-sectional investigation among Norwegian adults – fullført 2021
Jonas Evensen Thy - Association Between Dietary Fibre Intake, Faecal Microbiome Alpha-Diversity and Colorectal Neoplasia – fullført 2020
