Tarmbakterier og livsstil ved tarmscreening (CRCbiome)
Bakgrunn
Symptomene på tykktarmskreft (CRC) er uspesifikke og oppstår ofte når sykdommen ikke lenger er helbredelig. Screening reduserer dødeligheten av CRC, men dagens screeningtester må forbedres for å være mer nøyaktige, mindre kostbare og mindre invasive. CRC er en av krefttypene med sterkest sammenheng med livsstil, og det er grunn til å tro at denne sammenhengen delvis formidles gjennom bakteriene i tarmen - mikrobiotaen.
Vi undersøker interaksjonene mellom CRC, livsstil og mikrobiota for å bedre veilede forebygging av CRC og øke ytelsen til biomarkører.
Hensikt
Denne studien er et underprosjekt av screening mot tarmkreft. Vårt hovedmål er å utvikle nye tester for tarmbakterier som kan brukes i screeningprogrammet slik at prøvetagning forenkles og resultatet blir sikrere.
Vi vil også undersøke om det er sammenheng mellom kosthold og livsstil, tarmflora og tarmkreftutvikling.
Da kan vi forbedre råd om forebygging av kreft samt øke nøyaktigheten på testene.
Foruten det overordnede målet om å utvikle en ny test for tarmkreft, har studien også flere delmål:
• Identifisere assosiasjoner mellom tarmbakterier og forstadier av kreft i en norsk screeningbefolkning.
• Finne sammenheng mellom livsstilsfaktorer, tarmbakterier og forstadier av tarmkreft.
• Undersøke hvordan mikrobielle biomarkører endres ved fjerning av polypper som har stor risiko for å utvikle seg til kreft.
Prosjektet har etablert en kohort som inkluderer en biobank med avføringsprøver og biopsier, informasjon om livsstil og data fra nasjonale helseregistre for bruk i fremtidige studier. Les mer om studieutformingen og dataene i kohortartikkelen.
CRCbiome multi-omics
I et prosjekt som startet opp i 2022, integrerer vi data fra mikrobiomet med epigenom, transkriptom, kliniske opplysninger og livsstilsdata fra deltakerne i studien. Målet er å forbedre forståelsen av tykktarmskreftens karsinogenese.
- Vi tar en grundig titt på det utvidede tarmmikrobiomet, inkludert bakterier, virus, fager, sopp og deres interaksjoner, og hvordan dette samspillet relaterer seg til tykktarmskreft.
- Vi vil også undersøke epigenomet til vevsprøver fjernet under koloskopi for å identifisere sammenhenger og korrelasjoner mellom epigenomiske profiler av forløperlesjoner og kliniske faktorer, tarmmikrobiom og blodtranskriptom-biomarkører.
Design
CRCbiome-studien har rekruttert deltakere som er registrert i studien Bowel Cancer Screening in Norway (BCSN), et pilotprosjekt på det nylig innførte tarmscreeningprogrammet. Nærmere 3000 screeningdeltakere med en positiv avføringsprøve (FIT-test) ble invitert til å delta i vår studie.
Før koloskopien ble studiedeltakerne bedt om å fylle ut et livsstils- og demografisk spørreskjema og et validert spørreskjema for matfrekvens, utviklet ved Universitetet i Oslo. Polypper oppdaget som en del av screeningundersøkelsen ble fjernet under koloskopi. To og tolv måneder etter koloskopien ble deltakerne bedt om en ny FIT-test. Med dette er det mulig å undersøke om mikrobiomet endres etter fjerning av eventuelle forstadier til kreft. Mer om studiedesign og data kan du lese vår studeidesign-artikkel.
Status
Rekrutteringen av studiedeltakere startet i september 2017 og er nå avsluttet med totalt 1640 deltakere. Spørreskjemadataene er ferdig utfylt og kvalitetsikret. DNA-ekstraksjonsprotokollen er fullført, og alle prøvene er sekvensert. Vi har etablert bioinformatiske kommandokøer og startet å analysere metagenomdataene. I 2022 flyttet majoriteten av gruppen fra Kreftregisteret til lokaler på Universitetet i Oslo, både Senter for bioinformatikk og Farmasøytisk institutt.
Paula Istvan startet som affiliert postdoktor i november 2020. Hun studerer FIT-viromet og effekten av de ekstra hygieniske tiltakene som ble tatt i bruk under corona-pandemien på tarmmikrobiotaen. Einar Birkeland startet som postdoktor i mars 2020 og er nå forsker på prosjektet. Han jobber med metagenomanalyser. Cecilie Bucher-Johannessen begynte som doktorgradsstudent i mars 2020. Hun undersøker kjønnsforskjeller i tarmmikrobiota og CRC, og interaksjoner med antibiotikabruk. Ane Sørlie Kværner begynte som postdoktor i august 2019. Hun jobber med livsstils- og kostholdsanalyser. Ekaterina Avershina begynte som forsker i mai 2022. Hun jobber med epigenomanalyser av polypper fjernet under koloskopi. Maja Jacobsen begynte i mai 2022 som prosjektkoordinator og laboratorieingeniør.
Foto: Forskningsgruppen i CRC Biome prosjektet
Hvordan få tilgang til data
Alle forskningsprosjekter som inkluderer informasjon fra CRCbiome, må overholde den europeiske unions personvernforordning (GDPR). Dette betyr at behandlingen må ha godkjenning fra Den regionale komiteen for medisinsk og helsefaglig forskningsetikk (REK) i Norge. Videre må behandlingen ha en rettslig basis i henhold til GDPR artikkel 6 og 9. Søkeren må ha vurdert behovet for en personvernvurdering (DPIA) i samsvar med GDPR artikkel 35. Søkeren må bevise at disse kravene er oppfylt før data kan gjøres tilgjengelige. Utlevering av informasjon til land utenfor EU krever at betingelsene i GDPR er oppfylt. For å søke om tilgang til data fra CRCbiome-studien må søkeren fylle ut dette skjemaet: Skjema for dataadgangssøknad. For mer informasjon eller innsending av søknadsskjema, send e-post til: t.b.rounge@farmasi.uio.no
, , , , , , , ,
Birkeland E, Ferrero G, Pardini B, Umu SU, Tarallo S, Bulfamante S, Hoff G, Senore C, Rounge TB, Naccarati A. Profiling small RNAs in fecal immunochemical tests: is it possible? Mol Cancer. 2023 Oct 3;22(1):161. doi: 10.1186/s12943-023-01869-w. PMID: 37789383; PMCID: PMC10546694.
Masterprosjekter
Flere masterstudenter har brukt og bruker data fra prosjektet.
Pågående prosjekter
Lisi Zhan – Identification of pks+ bacterial genomes in CRCbiome – starter januar 2023
Vladimir Zarić – Prescription drug use in colorectal cancer screening participants – starter august 2023
Cassandra Hjortdahl – Microbiome prediction of lifestyle factors – starter august 2023
Sandra Therese Olsen Bratlie – Antimicrobial use and the gut microbiome in colorectal cancer screening participants – starter august 2023
Fullførte prosjekter
Arfa Irej Qureshi – The Mycobiome – fullført 2023
Jenny Fjørtoft – Regional differences in the microbiome – fullført 2023
Frøya Berg Grønvik – Intake of dairy products and advanced neoplasia – fullført 2023
Simon N Barak – VIRMAKE: a Snakemake workflow for viral identification of metagenomic sequence data – fullført 2023
Ignas Rumbavicius – Tool to remove specific organisms from microbiome sequencing data: Host Contamination Removal Tool (HoCoRT) (https://github.com/ignasrum/hocort/) – fullført 2022
Monica Linnea Dahlgren – Intake of NOVA classified processed foods at different stages of colorectal carcinogenesis: A cross-sectional investigation among Norwegian adults - fullført 2022
Emilie Syse Jalland – Identification of participants in need of colonoscopy in a FIT-positive screening population with the use of diet and lifestyle factors - fullført 2022
Henrik Olsvik – Developing a pipeline for deep analysis of cancer causing genes in the gut microbiome – fullført 2021
Astrid Riseth Andersen - Associations of the WCRF/AICR recommendations with stages of colorectal carcinogenesis: A cross-sectional investigation among Norwegian adults – fullført 2021
Jonas Evensen Thy - Association Between Dietary Fibre Intake, Faecal Microbiome Alpha-Diversity and Colorectal Neoplasia – fullført 2020.
